与此同，奉祀内官亦不愿轻易放弃对孝陵卫的控，面对南惊兵部、都督府的挑，他们也力图捍卫其管领卫军的合法性。嘉靖四十一年题，孝陵卫正军500，各专听神宫监差，其余丁1749，仍行把总官统，居常随营操，有警专护陵，不许混同营兵一体调发。
后，振武营士卒的薪俸先被缩，继而发饷拖，振武营士卒遂鼓噪哗变。
事情平定，穆宗朱载垕即，徐阶继续为首，议及振武营经常哗，意欲解，但是担心他们会占据孝陵闹，于是花了若干年时间慢慢分化瓦解。当前的振武营正军数量已由3000名降至1200名。
由此也可，大名鼎鼎的孝陵卫早就不行了。
至于神威，要到崇祯九年才会设立。
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到「流寇」犯江，南都震动。时守陵太监陈贵、魏国公徐弘基各疏请设营护，名神威营。后经兵部议，设军3000，「统以参将一，南兵部年中甄，止令勋监二臣冬季察阅一次」。
这就意味，那时孝陵卫戍部队已达三支：孝陵卫、振武营、神威营。
其中振武营由武职统，神威营由勋戚、守陵太监统，而孝陵卫正军早已被瓜分殆，所剩无几。可以，孝陵神宫监掌监与魏国公借时局动荡之机再次扩大了兵权。
崇祯十七，京师沦，弘光帝在金陵建立南明小朝廷。或许为了加强兵，于是合神威营、振武营为一，名神武营。
接，王铎提议裁撤神武，恢复孝陵卫旧，一切又回到原点。这也反映出自嘉靖以，南京兵部官员与内臣就孝陵卫管领权的斗，实未起到任何实际效果。随着时间推，孝陵戍卫体系不断膨，官兵疏于操练、徒耗月，仅成为奉祀官任意差遣的军伍杂役而已。
值得一提的，当钱谦益、王铎等人开了金陵城门投鞑，只有孝陵卫站了出来抵抗。
此时他们的指挥官是孝陵卫末代指挥使梅春。梅春两百多年前的先祖梅殷是明太祖朱元璋的女，朱元璋临终前嘱咐梅殷辅佐继承皇位的皇太孙建文帝朱允炆。
建文元年燕王朱棣起兵反，他的妹夫梅殷却奉建文帝命驻守淮，多次击退朱棣的燕军。朱棣被迫绕过淮，改从扬洲攻陷金陵。
天下大局已，梅
殷被迫投降。但梅殷依然心怀建文，咒骂朱，最终被朱棣流放辽，在流放途中被押送的锦衣卫推入水中溺死。
妹夫梅殷死，朱棣打发梅殷的儿子去做守墓的清苦，梅家开始世代承袭孝陵卫指挥使之，传至梅春这一代已经历经两百多年。
历史的讽刺在于，弘光年间手握金陵兵权但却选择降清的赵之龙两百多年前的先祖是赵彝。
赵彝在建文年间被建文帝任命为永平卫指挥佥事跟随官军迎击燕王朱棣。赵彝却变节投降朱，协助朱棣攻陷金陵。
朱棣登基称帝，赵彝被封为忻城伯。赵家历代都受到朱棣一脉的重，到了明末世受厚恩的赵之龙变节降清。而先祖死于反抗朱，之后备受朱棣一脉明朝皇帝冷遇的梅家后人梅春却决定为朱棣后人的江山赴死效忠。
孝陵卫在清军入金陵的时，拒绝投，末代孝陵卫指挥使梅春率部同清军争夺城，兵败后仅剩18人退到孝陵卫死，最终以18人全部阵亡的代价消灭清军三百人。
在《南明史》中留下寥寥一句「指挥梅春起兵于孝陵，死之。」
明末史学家计六奇编著的《明季南略》根据当时南京民众的口耳相传记载了孝陵卫保卫战的详细经过：
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「南惊人述云七月廿九日戊，南京孝陵，营旧有四十八，乃神乐观武生所管。至是以清兵，遂纠，乘夜每人束柴一，突烧城门。
清帅发，出一矢射毙二人。营兵发，不伤清兵一，遂败。止剩营兵十八，清以五十人而围，不克而死。
再益，再，俱三百人具，营兵仅存一，清兵只存三人。三人围一人搏，已，营兵以勾刀破清兵一人，肠出外尤未断，其人忍痛杀清兵一，始死。清兵只存二，乃走遁。
营兵十八人杀清兵三，可谓勇矣。所余一人能战三，且破其，则尤勇，至肠绝尤能杀兵同，清兵更不及。
安在行伍无将才，惜，其名不传。」
明孝陵卫此时和清兵殊死抵抗是勇气非凡，因为此时满清大军主力已经进入金陵城。
梅春和他率领的千余名孝陵卫部，很清楚这是一场根本不可能赢的战，也根本不可能改变金陵沦陷的大，但他们依然选择对清军发动了赴死式的自杀式袭击。
兵败，孝陵卫仅存18人退守孝陵，面对数百名清军的围，这18人依然没有投，而是选择用他们的生命为已经延续数百年的